漫画作为一个繁荣的媒体产业，其题材涵盖的广度，读者年龄层次的跨度以及对某些问题探讨的深度都是其他国家的漫画产业所不能相比的。在这些缤纷多彩的故事中，有许多会涉及到各种科技或者科幻的要素，并体现出作者对科技的判断和结论：比如一方面是乐观的“不可思议的工具”，而另一方面是悲观的认为“破坏一切的可怕元凶，末日的终结者”，更多的则是将各种科技或科幻要素当作铺展情节的方便背景，并不加以过多的关注和探讨。
不同的漫画对应着不同年龄层次的读者。低龄的儿童有着《多啦A梦》、《数码宝贝》之类的漫画作品，将科技视为不可思议的玩具。他们不需要接触科技的阴暗面，因为每一集的怪物都会被打败。在少年漫画层面上，则以各种励志性或者娱乐性的漫画为主，超能力或者高科技往往成为故事中的酷炫背景和情节工具，作品真正关注的地方不在科技本身。在少女漫画中，科幻的味道则变得更软，更多的融入设定背景之中而不做延伸。在漫画审查制度以及家长教师联合会监督之下，不合适的漫画会被投诉。连载于热门漫画杂志的漫画，情节太过阴暗晦涩也有可能被腰斩。所以，真正能够完整体现作者对科技的思考与严厉或悲观的态度的，大多是硬派且读者较少的青年漫画。这一切也就决定了，硬派的科幻漫画，在日本往往并不受大众欢迎。而以之改编拍摄的动画电影，如《Akira》或者《Ghost in the Shell》在日本都是票房惨败，在海外才能把票房拉回来，因为欧美才是科幻的起源地。（近两年似乎情况好些……）
此外，由于表现手法的限制，漫画作品难以展现战争和巨型机械的气势，因此巨大机器人战争类型的作品比动画中少，代之以人，集中于超能力、合体、改造、变身等等。执着于硬派科幻漫画的作者可谓凤毛麟角。随着社会与科技的发展，日本的科幻漫画在现实的影响下先后出现了两大主题思想。
第一就是以原子弹为代表的战争科技，及其带来的对科技悲观的末世情结。
很多日本动漫作品中，高科技往往导致大规模战争甚至世界的末日，直接带来悲剧性的结果。这种执拗的情结有其现实根源——日本作为二战的战败国，是世界上唯一一个对原子弹的威力有着切肤之痛的民族，并在其恐怖的力量面前不得不放弃抵抗。这是有史以来，科技第一次在战争中发挥出无法抵抗的灭绝性威力，原子弹作为可以操纵却无法抵御的武器，把自古以来战场上攻与守、矛与盾的平衡完全打破了。在广岛和长崎的核爆地点，对于现场的任何朴实描述，勾勒出的情景都不亚于SF作品中最毛骨悚然的想象，而且在战后数十年内，幸存者们仍然在辐射导致的伤残与疾病中痛苦挣扎。如果说原子弹的恐怖对其他国家的人们而言纯属想象，那么对于日本人来说，则是存在于真实的记忆中。尤其是最早的那一批SF漫画作家，心中必然还残留着战争的烙印——战败后极度贫瘠的生活，被美军统治的耻辱，以及无比惨痛的核爆牺牲者与幸存者。他们倾向于对科技比较悲观的末世情结，因为那些伤痛是战争带来的，也是科技带来的。因此，在相当一段时间内，日本人在漫画作品中，对于科技的进步都没有表现出喜悦，经常会站在一种较为人性化、道德化的角度去想象与解释。在早期的一批SF漫画作家中，被称为“漫画之神”的手冢，对科技就持有相当悲观的态度。
在具有科幻要素的日本漫画中，经常出现未来的世界大战，或者战后荒凉残酷的未来。这种反战的警世意义，有时也伴有反科技和回归自然的倾向。比如宫崎骏的《风之谷》中，被称为“七日之火”的世界大战毁灭了一切科技与文明，千年之后仅存的人类在散发着有毒瘴气的腐海边缘苟延残喘，科技退化，生活艰难。但作者在结尾揭示的真相却是：在七日之火时，当世界已呈现无法从污染中恢复的状态，有一群人将人类和其他生物做了适应污染的改造，计划使世界重生。腐海是人所创造出来的，它被设计成花数千年就能使大地净化重生的工具，也被设定为一完成这个任务就会毁灭。计划重建世界的旧人类留下了一个黑色的陵墓，当世界完成净化，那么被改造过的人类和其他生物都会无法生存而灭亡，原种的生态系统将全部恢复。至此，旧世界的至高科技将残存人类的生存意义否定为一个黑色的玩笑，看似完美无缺的重生计划在坚持要“活下去”的人们面前成了彻底的反派。当作者借用女主角之手摧毁陵墓主人，带领人们重新生活时，其反科技、提倡回归自然的主题一览无余。
而松本零士的名作《银河铁道999》中，对科技和机械化则更加鞭笞。为了向拥有机械身体的敌人复仇，男主角踏上了一条寻求机械身体的道路，然而一路上遇到的故事无一不是科技带来的悲剧，带有明显的末世论调，冰冷危险的宇宙、无法带来幸福的科技和人性的挣扎都给人留下了非常深刻的印象。这部作品是真正彻底的悲剧故事，这在漫画中是相当少见的。
而现在漫画作者都是受制于杂志，也就是受制于读者的接受程度，因此很少给出真正的悲剧结尾，最后都是“黑暗中的光明”，来给人以安慰和希望。许多漫画作家不论再怎样强调着人类的愚蠢与破坏行径，再怎样悲观的描述科技与未来的阴冷，一切仍是为了衬托与歌颂人性中闪耀的点点光芒和希望。也许就是这个原因，导致《铳梦》这样的灰色故事也会在激荡人心的大高潮之后，安排出女主角在巨花中重生并与男友相拥的无逻辑快乐结局，尽管有些牵强。
不过，随着冷战结束，社会经济日益繁荣，漫画的娱乐化倾向也越来越强，对科技的悲观论调逐渐弱化。尤其是年轻一代的漫画家崛起，其作品中对于科技和战争的态度和老一代明显不同，作者与读者更关注的都是人，即某个人或者某群人在大背景下展现的个性与生存的方式，时常会出现不把世界或他人存亡当回事的任性角色——这也正是现代许多青少年的生活态度，遥远的战争或者民生悲剧都与自身无关，只有自己生活着的这个小世界才是属于个人的世界，因此科技产品对人类生活的影响似乎更为重要。当电子技术、生化技术、基因技术与人工智能技术飞速发展，并作为极有前途的高科技被各种媒体大力宣传时，读者的注意力更多的放到“人”这种存在的生物意义和精神意义上。
于是科幻漫画作品中的第二大主题粉墨登场，且不局限于日本的SF作品，那就是科技的发展给“人”带来的进化和异化。
改造人、机器人和克隆人的题材在早期日本SF漫画中就极为充斥，现在的作品也是如此。但大部分作品只是强调其力量并作为情节中的普通工具来使用。真正描述人类与这些造物的关系的作品，则大多从伦理、感情、道德等人性的角度来描写。《银河铁道999》在这方面是不折不扣的悲剧论调，相比之下后来的作品大多没有那么阴暗。《五星物语》的最大特色就是为操纵MH机器人而造的完美人造人Fatima，在波澜壮阔的战史之下，剧情紧紧围绕战争中骑士与fatima之间的羁绊而展开。《最终兵器彼女》中，女主角则由人被改造为终极兵器，和男主角在战争中苦苦相恋直到地球毁灭。这类作品里的战争不过是机器人或改造人出现的理由，作者致力于描绘的是人类面对这些似“人”却非人的造物时所产生的矛盾与感情。而有少数硬派SF作者，则更进一步探讨何谓“人”的问题，比如《铳梦》和《攻壳机动队》。
这种反思和怀疑有着充分的现实基础。美国的科学家早已成功利用剥离出来八目鳗的脑通过电线操纵机械身体在水中游泳，也许类似的成果迟早会出现在人类身上。当生物神经和机械电路能够完美结合，或者当芯片已经可以真正模拟人类的大脑，那么对人类的躯体补完，和对机械人的人工智能补完，都可以做到。一个更换了身上许多部件的人还能叫做“人”吗？一旦人造义体的成本下降到了可以接受的范围，那么跨越补完和强化之间这道微弱的界限，通过人造感官和肢体突破人类生理功能极限的人，还可以被叫做“人”吗？
在木城雪户的《铳梦》中，地上的人们艰难生存，更换着各种强化的机械身体，唯一保留的身份来自于孤零零活着的大脑，于是读者很容易被设下这样的印象——有着人类的脑、思维与感情，就是人仅有的标志。天上城市沙雷姆的高贵住民们生活富足，无须改造身体，看似真正的人类，可是一旦成年，那颗活生生的大脑就被悄悄换成了一块生物芯片。这两类人形成了极为讽刺的对比。当沙雷姆人艾德发现脑中是芯片时，精神崩溃了——这在读者看来匪夷所思，但体现的其实是作者的价值观，拥有人类大脑的儿童反而比脑子里装着芯片的成人更优越。如果人类的大脑被视为“人”的基本定义，那么拥有芯片大脑的还算是人吗？拥有机械身体的女主角，总是和人类身体的人恋爱，而没有爱上某个造型怪异却拥有人类大脑的人，足可见木城雪户在这里并没有柏拉图的浪漫想法，仍然保留着一定的道德洁癖。这是用现代的思维模式模拟与衡量未来时必然出现的死角。
另一部设定更加复杂和大胆的作品，就是《攻壳机动队》（Ghost in the shell）。“攻壳机动队”是义体部队，女主角除了大脑之外全身都是超强化的义体，但看不见自己脑内到底是什么的她，有时也会自嘲的说：“或许我自己已经死了，现在的我只是义体及计算机所构成的仿真人格……”在故事设定的世界中，网络无所不在，物质躯壳（shell）可以更换，人类记忆与意识（Ghost）又可以随意的入侵、复制、改写和融合，连攻壳车都有可以聊天的人工智能，网络中又诞生了傀儡王这样高智能的独立意识……作者士郎正宗模糊了肉体与机械、智能与AI、人类和造物的界限，机械不像机械，人不像人，直接把科幻中传统而经典的机器人三定律扔在一边，用半调侃的态度摆出了足以刁难读者的问题——人的定义是什么，生命的定义又该是什么？
何谓人，何谓生命——任何逻辑严谨言词枯涩的科学定义都不足以应对这种颠覆性的假想实验。当年爱因斯坦在假想中提出了相对论，如今读者们却在SF漫画的假想中难住了自己。但是，比起电影版《Ghost in the shell》中阴沉压抑的思考，许多读者更认同士郎正宗的漫画原著中那个更乱糟糟的充满活力的世界。这是面对人类异化这个大主题时最容易接受的态度，与其用现代的观点将未来视为悲剧，倒不如用一种更平静积极的态度来应对。
如上所述，日本科幻漫画中主题思想的变迁，都体现了社会经济与科技的发展。当战争带来的悲观末世情结弱化、形式化和娱乐化之后，再度深刻起来的是对人类自身的思考……科幻漫画已经开始洗去先辈们的悲观哲思，更多的关注于科技之外的人性。作为虚构架空故事的优良载体，带有SF色彩的漫画作品多得令人眼花缭乱，而对科技的意义的探讨则多沦为越来越肤浅和公式化的警世意义。传统意义的SF漫画越来越退居大舞台的边缘，取而代之的是将各种科技要素当作家常便饭的大量娱乐性漫画。实际上这也体现出人们对科技的态度早已有所改变——比如人们曾担心任何一种新的科技都会导致某些旧事物被取代而消失，现在则是坦然的接受各种最新的资讯以及产品，并且热衷于享受高科技带来的便利。
在普通读者的心中，科技不再是高高在上需要膜拜、敬畏或恐惧憎恨的双刃剑偶像，而是只要付费就可以买到的工具和服务，或是只要国家拨款就能发展的普通事业，无须深思。科技发展的速度成级数上升，几乎已经超出了人们的满意度，似乎只要无意中观望一下，就能不断看到前人们视为奇迹或幻想的各种事物成为现实，唯一需要注意的障碍只是个人的消费能力或国家的预算开支。这一切必然导致SF作品的倾向变化。毕竟，漫画作为一种载体而非题材，会非常现实的随着社会的发展而变化。
